El 19 de febrero de 1900 se constituyó por decreto presidencial la Dirección General de Aduanas, conformada por seis secciones.

El 17 de octubre de 1913 se firmó el decreto por el cual se crearon ocho Secretarías de Estado para el despacho de los negocios administrativos, entre ellas la Secretaría de Hacienda y Crédito Público y Comercio, con atribuciones sobre aranceles de aduanas marítimas y fronterizas, vigilancia, impuestos federales y otros conceptos.

En 1916 se publicó la nueva tarifa de aranceles, en la cual el único producto prohibido era el opio; se redujeron los gravámenes a los artículos de primera necesidad y se aumentaron para los artículos de lujo.

En 1929 la Ley vigente intentó modernizar y simplificar los procedimientos para el despacho de mercancías en las aduanas, junto con ella se pretendió la unificación en una sola tarifa de los diferentes impuestos. Esta ley fue abrogada por la nueva Ley Aduanera de 1935.

El 18 de noviembre de 1931 se expidió el Reglamento Interior de la Dirección General de Aduanas y el Reglamento Interior de la Secretaría de Hacienda. En su artículo 3 se ubicó a la Dirección de Aduanas dentro de las Oficinas de Servicios Generales, con la función de administrar, coordinar y controlar los impuestos, derechos y aprovechamientos aduanales.